Baja por enfermedad siendo autónomo: cuánto cobras y cómo pedirla

Existe una creencia bastante extendida entre autónomos de que si caen enfermos no cobran nada. Y no es verdad. Los trabajadores por cuenta propia tienen derecho a la prestación por incapacidad temporal igual que los asalariados, con algunas diferencias que merece la pena conocer. La más relevante: empiezas a cobrar a partir del cuarto día de baja, no desde el primero.

Eso sí, el proceso tiene sus particularidades y hay detalles que pueden pillarte desprevenido si no los conoces de antemano. Te contamos todo lo que necesitas saber para pedir la baja por enfermedad como autónomo, qué cuantía te corresponde y qué pasa con tu cuota mientras estás de baja.

Desde qué día cobras: la regla del cuarto día

Cuando un autónomo coge la baja por enfermedad común o accidente no laboral, los tres primeros días no cobra prestación. A partir del cuarto día empieza el derecho al cobro. Esto es diferente respecto a los trabajadores por cuenta ajena, que tampoco cobran los tres primeros días pero su empresa a veces les complementa el salario por convenio.

Para los autónomos no hay nadie que complemente nada. Los días 1, 2 y 3 son a tu costa.

Ahora bien, si la baja es por accidente de trabajo o enfermedad profesional, la cosa cambia: cobras desde el día siguiente al de la baja. El primer día no se cobra en ningún caso (es el “día de la baja”), pero a partir del segundo ya recibes prestación.

Tipo de baja	Inicio del cobro
Enfermedad común / accidente no laboral	Desde el 4.º día
Accidente de trabajo / enfermedad profesional	Desde el 2.º día (el día de la baja no cuenta)

Lo que poca gente sabe es que esta distinción puede suponer una diferencia importante si tu baja dura pocos días. Una gripe de una semana por enfermedad común te deja 3 días sin cobrar de 7. Si fuera un accidente laboral, solo perderías el primer día.

Cuánto cobras estando de baja

La cuantía depende de tu base de cotización en el RETA y del tipo de baja:

Enfermedad común o accidente no laboral:

• Del día 4 al 20: el 60% de tu base reguladora diaria.
• Del día 21 en adelante: el 75% de tu base reguladora diaria.

Accidente de trabajo o enfermedad profesional:

• Desde el día 2: el 75% de tu base reguladora diaria.

Tu base reguladora se calcula dividiendo la base de cotización del mes anterior a la baja entre 30. Si, por ejemplo, tu base de cotización mensual es de 1.000 €, tu base reguladora diaria sería 33,33 €.

Vamos con un ejemplo concreto. Laura es autónoma y cotiza por la base mínima, que en 2026 ronda los 950 € mensuales según su tramo de ingresos. Si coge una baja por enfermedad común:

• Base reguladora diaria: 950 / 30 = 31,67 €
• Del día 4 al 20: 31,67 × 0,60 = 19 €/día (unos 570 €/mes)
• Del día 21 en adelante: 31,67 × 0,75 = 23,75 €/día (unos 712 €/mes)

En la práctica, la mayoría de autónomos que cotizan por bases bajas cobran cantidades modestas durante la baja. Es una de las razones por las que muchos autónomos aguantan trabajando enfermos, lo cual no es ni recomendable ni necesario.

Ten en cuenta: si cotizas por una base más alta, tu prestación será proporcionalmente mayor. Muchos autónomos eligen cotizar por la base mínima para ahorrar en cuota, pero eso se nota cuando llega una baja. Es algo que conviene valorar al elegir tu base de cotización, no solo pensar en la cuota mensual.

Cómo solicitar la baja paso a paso

El proceso es más sencillo de lo que parece, aunque tiene un par de pasos que no debes saltarte.

Paso 1: Ve al médico. Tu médico de cabecera (o el de la mutua, si la baja es por accidente de trabajo) emite el parte de baja. Este documento es electrónico desde hace años, así que el médico lo envía directamente al INSS y a tu mutua. Tú recibes una copia.

Paso 2: Comunica la baja a tu mutua colaboradora. Los autónomos están obligados a estar cubiertos por una mutua colaboradora de la Seguridad Social para las contingencias profesionales y, desde 2019, también para la prestación por cese de actividad. Es a esta mutua a la que debes dirigirte para gestionar el cobro de la prestación.

Paso 3: Presenta la solicitud de prestación. Cada mutua tiene su propio formulario y su propia sede electrónica. Necesitarás tu DNI, el parte de baja y una declaración de situación de actividad. La mutua procesará la solicitud y empezará a pagarte la prestación.

Paso 4: Partes de confirmación. Mientras dure la baja, tu médico emitirá partes de confirmación periódicos. Los primeros se emiten semanalmente, luego se espacian. Estos partes son automáticos si tu médico los gestiona electrónicamente, pero asegúrate de acudir a las revisiones que te marquen.

Paso 5: Parte de alta. Cuando te recuperas, el médico emite el parte de alta. A partir del día siguiente al alta, dejas de cobrar la prestación y vuelves a tu actividad normal.

¿Qué pasa con la cuota de autónomo durante la baja?

Aquí viene una de las novedades que muchos autónomos desconocen. Desde la reforma del RETA, si tu baja dura más de 60 días, tienes derecho a una exoneración de la cuota de autónomo a partir del segundo mes de baja. Es decir, del día 1 al 60 sigues pagando tu cuota normal. A partir del día 61, dejas de pagarla mientras dure la baja.

Esta exoneración se aplica de oficio en la mayoría de los casos, pero conviene verificar con tu mutua que se está aplicando correctamente. Hay autónomos que han seguido pagando cuota durante bajas largas sin saber que tenían derecho a la exoneración.

Para bajas cortas (menos de 60 días), sigues pagando la cuota íntegra. Es uno de esos aspectos del sistema que penalizan al autónomo: estás enfermo, cobras menos y encima sigues pagando tu cuota. No tiene mucha lógica, pero así funciona.

Bajas largas y situaciones especiales

Si la baja se prolonga, conviene saber que la incapacidad temporal tiene un límite máximo de 365 días, prorrogable por otros 180 si se prevé curación. Pasados los 545 días, el INSS evalúa tu situación y decide si te da el alta, te declara en incapacidad permanente o excepcionalmente prorroga más la baja.

Para los autónomos, una baja tan larga tiene implicaciones adicionales. Aunque no puedas trabajar, tu negocio puede seguir funcionando si tienes empleados o un socio que lo gestione. No estás obligado a cerrar tu actividad por estar de baja, pero sí a no realizar personalmente el trabajo habitual.

Dicho esto, hay un recurso que muchos autónomos no conocen: la prestación por cese de actividad, que es el equivalente al paro de los autónomos. Si tu enfermedad te obliga a cerrar el negocio definitivamente, puedes solicitar esta prestación. Pero eso es otro trámite diferente que requiere haber cotizado al menos 12 meses por cese de actividad.

La mutua: tu interlocutor principal

Desde 2019, todos los autónomos deben estar adscritos a una mutua colaboradora para la gestión de las contingencias profesionales y el cese de actividad. La mutua es quien te paga la prestación por incapacidad temporal (salvo los primeros días en caso de enfermedad común, que gestiona el INSS) y quien controla la evolución de tu baja.

Ojo que la elección de mutua no es algo trivial. Cada mutua tiene sus propios procedimientos, tiempos de respuesta y nivel de atención al autónomo. Hay mutuas más ágiles que otras y la experiencia puede variar bastante. Si todavía no has elegido mutua o quieres cambiar, puedes hacerlo durante los meses de junio y octubre, con efecto desde el semestre siguiente.

Una cosa más sobre las mutuas: tienen potestad para proponer el alta médica si consideran que ya estás en condiciones de trabajar, aunque tu médico de cabecera no te haya dado el alta. Si no estás de acuerdo con una propuesta de alta de la mutua, puedes impugnarla ante el INSS. No es habitual, pero pasa.

Preguntas frecuentes

¿Puedo coger la baja si soy autónomo y no tengo empleados?

Sí, el derecho a la baja es personal e independiente de que tengas o no trabajadores a tu cargo. Lo que ocurre es que si eres el único que trabaja en tu negocio, la actividad se paraliza mientras dure tu baja. Pero tu derecho a la prestación es exactamente el mismo.

¿Me pueden dar el alta obligatoria si la mutua considera que ya estoy bien?

La mutua puede hacer una propuesta de alta, pero la decisión final corresponde al INSS. Si recibes una propuesta de alta y no estás de acuerdo, puedes presentar alegaciones en un plazo de 4 días hábiles. El INSS resolverá en un plazo máximo de 7 días.

¿Tengo que seguir presentando declaraciones de IVA e IRPF mientras estoy de baja?

Sí. La baja médica no te exime de tus obligaciones fiscales. Si durante el periodo de baja has tenido facturación (por ejemplo, cobros de trabajos anteriores), debes declararlos normalmente. Si no has facturado nada, presentas las declaraciones a cero.

¿Puedo elegir darme de baja por accidente laboral en vez de enfermedad común?

No, no es una elección tuya. El tipo de baja depende de la causa. Si te lesionas realizando tu actividad profesional, es accidente de trabajo. Si enfermas por causas no relacionadas con tu trabajo, es enfermedad común. El médico determina la causa en el parte de baja.

¿Cotizo para la jubilación mientras estoy de baja?

Sí. Durante la incapacidad temporal se mantiene la obligación de cotizar (salvo la exoneración a partir del día 61) y los periodos de baja computan como tiempo cotizado a todos los efectos, incluida la jubilación.